Zur Bildung des Endwertes müssen die zwei Einzelparameter miteinander verrechnet werden. Da die Einzelparameter unterschiedliche Messgrößen bewerten (ökol. Wertigkeiten, Tiefengrenzen) und gewässerspezifische Referenzwerte mit unterschiedlichen Klassengrenzen und Wertebereichen besitzen, müssen sie vor der Verrechnung einheitlich auf ein Intervall von 0–1 normiert werden. Da für die Bewertung der Tiefengrenze wurzelnder Pflanzen eine bessere wissenschaftliche Datenlage vorliegt, geht diese mit einer zweifachen Gewichtung in das Endergebnis ein. Die Gesamtbewertung ergibt sich durch Bildung des Mittelwerts aus den gewichteten und normierten Einzelwerten. Dieser Wert stellt gleichzeitig den EQR (Ecological Quality Ratio) dar. Sollte die Tiefengrenze im gesamten Wasserkörper nicht erfassbar sein (weil das Tiefenspektrum natürlicherweise nicht ausreicht), so wird die abschließende Bewertung nur aus einem Wert, der Bewertung der ökologischen Wertigkeit, gebildet.
Die aktuell gültigen Grundlagen zur methodischen Erfassung, Auswertung und Bewertung mittels PHYBIBCO sind in der Handlungsanweisung ausführlich beschrieben (Nickel et al. 2019) und auch im Rahmen des Bund-Länder-Messprogramms (BLMP) im Monitoring-Handbuch verzeichnet.
Wie das Bewertungssystem PHYBIBCO im Einzelnen angewandt wird, ist auf der Seite Gewässerbewertung beschrieben. Allerdings müssen die dortigen Angaben aktualisiert werden.